珍稀树种已成“国宝”。桃源洞国家森林公园拥有多个群落，实为罕见。主要珍稀树种群落有：

　　银杉群落：在海拔1300米的山上生长着200多株经历等四世纪冰川运动浩劫后，幸存下来的古老孑遗植物——银杉。银杉的发现对研究古生态学、古生物学、古气候、古地质地理学有着重要的科学价值，具有稀有性、脆弱性、感染力。

　　大院冷杉群落：位于海拔1350-1580米的中山地带，生长着一种似松非松， 似杉非杉的树种，这便是新发现的树种——大院冷杉。它与马尾松、毛竹、木荷、三尖杉、猴头杜鹃花及枫香、玉兰等构成了我国唯一的森林植物群落。该树种及其群落分布极为狭窄，具有特有性，稀有性和脆弱性。

　　南方铁杉群落：在海拔1500米之上的牛石坪河边山坡上，生长着200 余株参天古木，这就是南方铁杉群落，其中最大的一株高达30米，胸径达75厘米，与其它伴生树构成了稳定的生态系统，具有稀有性、自然性特点。

　　福建柏群落：在海拔1300米的核心区焦石山坡上，有一片枝繁叶茂、生长良好的福建柏群落，最大一株高达25米，胸径为80厘米。

　　华榛群落：在海拔1200米的核心区拐子窝，有华榛纯林100余亩， 这是我国罕见的极珍贵的林木。这样林相完整的群落是华中区系中较典型的群落，在区系地理分布上是该种群分布的最东缘，独具典型性、脆弱性。

　　南方红豆杉群落：红豆杉雌异株，生存繁衍困难，但在桃源洞却广为分布，并形成了完整的群落，具有潜在保护价值和科研潜力。